โรงเรียนยอแซฟอยุธยา มีเนื้อที่ทั้งหมด 27 ไร่ 2 งาน 93 ตารางวา มีจำนวนอาคารเรียน 2 หลัง โดยเป็นอาคารคอนเกรีตเสริมเหล็ก 4 ชั้น 2 อาคาร และอาคารประกอบ คือ โรงอาหารขนาดใหญ่ 1 อาคาร มีจำนวนห้องเรียน 56 ห้องเรียน ห้องปฏิบัติการ 30 ห้อง เช่น ห้องสมุด ห้องวิทยาศาสตร์ ห้องคอมพิวเตอร์ 2 ห้อง ห้องปฏิบัติการทางภาษา (2 ห้อง) ห้องกลุ่มสาระการเรียนรู้ต่างๆ (8 ห้องเรียน) ห้องดนตรี (2 ห้องเรียน) สวนวิทยาศาสตร์ สวนคณิตศาสตร์และแหล่งการเรียนรู้ตามกลุ่มสาระต่างๆ